F2线与F3线一起形成福州新区和福州（长乐）国际机场铁路通道，线路自连江站引出后，与G1501福州绕城高速并桥跨越长门水道，进入琅岐岛，于琅岐镇西侧设琅岐站，出站后依次上跨福州绕城高速、闽江口折向东南，沿规划高速至文岭镇附近设文岭站折向南引入福州（长乐）国际机场站，沿机场高速至云江村附近折向西南，于莲花山东侧设福州新区站，上跨福平铁路，穿越董奉山景区，上跨长平高速至罗联乡设罗联站，引入在建福厦高铁福清西站与既有福厦铁路北溪线路所。

2022年，莆田市国资委在回复“福莆宁城际铁路F2线何时开始招标”时称：由于福莆宁城际铁路F2线涉及莆田和福州两地市，2020年福州市提出需调整福州段建设方案（新建福厦铁路通车后既有杭深线运力节余，涵江至福清段拟利用既有杭深线）后，为更好地与福州段衔接，现正在进一步论证和优化线路方案，城际铁路F2线西天尾至莆田站段工程暂缓实施。何时重启待莆田市城市轨道交通线网规划审批后，根据规划开展。